Lorsque plusieurs fichiers sont ouverts sous GBEPad, vous pouvez synchroniser l'affichage de 2 ou plusieurs fichiers. Vous devez actionner la synchronisation pour tous les fichiers à synchroniser.
Ainsi, en naviguant dans un fichier les vues des autres fichiers "synchronisés" se mettent à jour automatiquement (même ligne active et même caractère dans la ligne).